Япония, 1614 година. Шогунът е издал указ за изгонването на всички католически мисионери. Но въпреки гоненията християнството продължава тайното си съществуване. В същото време в Рим, в средите на Римокатолическата църква, се разнася мълва, че Крищовау Ферейра, високоуважаван мисионер в Япония, се е отрекъл от вярата си. Трима млади португалски свещеници заминават за Страната на изгряващото слънце, за да установят истината за учителя си, както и за да продължат разпространяването на християнството по тези далечни земи.

В „Мълчание“ Шюсаку Ендо осветлява една слабо позната част от историята на своята страна. Описаните събития дават храна за размисъл върху универсалния характер на религиите и дълбокия смисъл на християнското милосърдие, като разкриват сложните отношения между Япония и Запада.